Профилактическая дезинфекция позволяет предупредить распространение инфекционных болезней в населенном пункте или среди отдельных групп населения. С этой целью ее проводят в сооружениях водоснабжения, на пищевых объектах, включая и места торговли пищевыми продуктами, предприятиях, перерабатывающих сырье животного происхождения, в местах общественного пользования (вокзалы, клубы, гостиницы, театры, транспортные средства и др.), в медицинских учреждениях, уборных общего пользования и т. д. В зависимости от объекта для дезинфекции используют различные средства. Так, для обеззараживания воды применяют хлорирование; посуду, постельные принадлежности и ряд других объектов обеззараживают кипячением; в местах общественного пользования моют пол горячей водой или подвергают помещение влажной уборке с использованием растворов дезинфицирующих средств и т. д.

Независимо от способа проведения профилактическая дезинфекция, устраняя возможность передачи инфекции каким-либо фактором, исключает распространение не одной, а многих болезней с однотипным механизмом передачи. На эффективность этого вида дезинфекции влияет регулярность ее проведения, поэтому хлорирование воды на водопроводных станциях, пастеризацию молока и т. п. проводят систематически.